Kompetencje i zasady funkcjonowania Zarządu Instytutu Pastoralnego określają paragrafy 8 – 10 Regulaminu Instytutu Pastoralnego.
§ 8.
1. W skład Zarządu Instytutu wychodzą:
a) Dyrektor Instytutu, którego powołuje i odwołuje Konsystorz,
b) Dyrektor Generalny Diakonii,
c) Ogólnopolski Duszpasterz Misyjno-Ewangelizacyjny,
d) Ogólnopolski Duszpasterz Młodzieży,
e) Opiekun duchowy ChAT,
f) wybrany przedstawiciel Synodalnej Komisji ds. Teologii i Konfesji,
g) wybrany przedstawiciel Synodalnej Komisji ds. Pastoralnych,
h) wybrany przedstawiciel metodyków nauczania lekcji religii,
i) wybrany przedstawiciel Stowarzyszenia Księży i Katechetów.
2. Kadencja Dyrektora Instytutu oraz wybranych członków Zarządu trwa 5 lat.
3. Dyrektor Instytutu jest Przewodniczącym Zarządu
4. W posiedzeniach Zarządu mogą uczestniczyć z głosem doradczym również inne osoby zaproszone przez Dyrektora.
§ 9.
1. Do kompetencji Zarządu należy:
a) opracowywanie rocznych i wieloletnich planów działania Instytutu,
b) opracowywanie programów ustawicznego kształcenia,
c) opracowywanie planów finansowych,
d) nawiązywanie kontaktów i współpracy z innymi organizacjami kościelnymi i pozakościelnymi,
e) pozyskiwanie funduszy na rzecz działalności Instytutu,
2. Kolejne posiedzenia Zarządu zwołuje Dyrektor.
3. Posiedzenia odbywają się w miarę potrzeb, nie rzadziej jednak niż raz na w roku.
4. Zarząd podejmuje swoje decyzje na posiedzeniach w formie uchwał zwykłą większością głosów bez względu na ilość obecnych.
§ 10
1. Dyrektor Instytutu kieruje Instytutem i reprezentuje go na zewnątrz.
2. Do zadań Dyrektora należy w szczególności:
a) realizacja uchwał Rady Instytutu,
b) organizowanie, zlecanie i nadzorowanie zajęć dydaktycznych, prowadzonych w ramach zatwierdzonych programów kształcenia, a także odpowiadanie za ich jakość.
c) dysponowanie środkami finansowymi i materialnymi Instytutu w ramach zatwierdzonych rocznych planów finansowych.
d) składanie corocznych sprawozdań z działalności merytorycznej i finansowej Instytutu.